これらの合併に伴い、仏教会も 新たな組織のあり方について検討を重ねました。
　その結果、各旧市町村の既存仏教会組織の独自性を基本とした、緩やかな連合組織である「新潟市仏教連合会」を立ち上げることとなり、２００６(平成１８)年４月２６日に発足式が執り行われました。

　２００１(平成１３)年合併以前の旧新潟市内寺院からなる組織は、それまで「新潟市仏教会」と名乗っていましたが、上記の組織と名前が類似して誤解を招くということから、２００６(平成１８)年１月２５日の総会決議をもって「新潟佛教会」と名乗って活動を続けておりました。


　その後、２００７(平成１９)年４月１日より、新潟市が本州日本海側唯一の政令指定都市となり、北・東・中央・江南・秋葉・南・西・西蒲の８区が設けられました。
　そのような行政側の変化の中で、市営墓地の新設計画や寺院墓地の拡張・新設の許可に関する問題など、全市の寺院に関わる課題が多く発生し、市内全寺院を代表して行政と対応できる組織の誕生が求められるようになりました。
　また上記の「新潟市仏教連合会」は、任意団体であるため「新潟県仏教会」や「全日本仏教会」に所属しておりませんでした。そのため、２０１１(平成２３)年３月１１日の東日本大震災において、これら上部団体からの情報を新潟市内の全寺院に、統一したかたちで伝えることができませんでした。


　このような課題をうけて、政令指定都市 新潟市内の全寺院を会員とする、新たな「新潟市仏教会」を立ち上げるべく、「新潟市仏教会立ち上げ準備会」の会議を重ね、２０１３(平成２５)年３月２９日に「新潟市仏教会」の立ち上げ総会を行ったものです。


　この新しい「新潟市仏教会」の発足をもって、各旧市町村の既存仏教会組織と新潟県仏教会・全日本仏教会との関係は全て廃止され、新しい「新潟市仏教会」が、新潟市を代表してこれらの上部団体に所属する唯一の組織となりました。